神棚や仏間などは基本的には北を背にして南向き
もしくは西を背にして東向きにするのが一般的です。
神様や仏さまは上を踏まないように
部屋を作らないようにするのがベストですが
無理な場合は収納など踏まない間取りにします。
どうしても踏む場合や天井を二重にしておく方法があります。
神棚と仏さまを一緒にするのが良くないように言われることもありますが
神社と仏閣が一緒に存在した時代もあるので
そこまで問題視しなくても大丈夫です。
気の持ちようというもので、
神様が存在するかしないかは本人次第といったところ
神様を拝んで自分はついている守られていると思うことで
精神的に安定して悩みが薄れる効果があるので
昔から重宝されている仕組みではあります。